A Controladoria Interna é responsável por planejar, coordenar e executar atividades de controle, acompanhamento e avaliação da gestão administrativa, financeira e operacional do órgão. Compete à unidade elaborar o Plano Anual de Trabalho, emitir relatórios de controle interno, realizar auditorias e monitoramentos, bem como propor melhorias nos processos de gestão. Atua ainda na prevenção de irregularidades, na promoção da transparência e no apoio à tomada de decisões, observando os princípios da legalidade, eficiência e responsabilidade na administração pública. O Manual de Auditorias encontra-se em fase de elaboração.